Basé sur la remise en question continuelle et le refus des idées figées, il n’y a évidemment pas une définition unique du libre examen.
Le libre examen procède de la volonté de maîtriser sa pensée et ses idées, de les baser sur des faits vérifiables; il implique avant tout le refus de tout dogmatisme. Par dogmatisme, bien au-delà de toute référence religieuse, il faut entendre tout discours ou doctrine qui se prétend fondamental, vrai et incontestable; toute vérité qui impose sa légitimité voire son évidence par l’autorité morale, la contrainte et le conditionnement, de sorte à ne plus pouvoir supporter la moindre remise en question et à réduire au silence ou à disqualifier tout ce qui le contredit. Comme Robert Joly le définit, le libre examen, c’est donc « la méthode scientifique étendue et adaptée à toute question non scientifique ».